Keizer was in het seizoen 2017/18 hoofdtrainer bij
Ajax, nadat hij een seizoen eerder op de tweede plaats was geëindigd met Jong Ajax in de, toen zo geheten, Jupiler League. Eerder was Keizer eindverantwoordelijke bij Telstar, SC Cambuur en FC Emmen.
Bij Ajax 1 werd Keizer al in zijn eerste weken geconfronteerd met het drama rondom
Abdelhak Nouri, die op een trainingskamp in Oostenrijk in elkaar zakte. Uiteindelijk werd Keizer al na een half jaar op non-actief gesteld na een aantal slechte resultaten. Erik ten Hag volgde hem op.
In 2018 werd bekend dat Keizer trainer werd van Al Jazira, de club waar hij later dus zou terugkeren, als opvolger van
Henk ten Cate. Dit eerste avontuur in de Verenigde Arabische Emiraten duurde slechts vijf maanden, want in november 2018 tekende Keizer een contract bij
Sporting Portugal. Ondanks twee prijzen in Lissabon werd Keizer amper een jaar later alweer op straat gezet. Hierna keerde de inmiddels 53-jarige trainer uit Badhoevedorp terug bij Al Jazira. In 2021 behaalde Keizer zijn eerste landskampioenschap als trainer